Asi nejvíc záleží na tom, co za web stavíte. Chystáte-li se čistě na použití Joomly, verze 3.x bych se nebál. Administrátorské rozhraní má ještě sice své mouchy, ale přeci jen vydání 3.5 se již blíží a postavit web na verzi 2.5 a po pár měsících řešit migraci asi není to pravé.
Pokud se chystáte využít další rozšíření, budete limitován hlavně jejich podporou verze 3.x, a tu doporučuji vždy odzkoušet, některé rozšíření se sice tváří jako kompatibilní, ale ve skutečnosti obsahují ještě mnoho nedodělků...