Obecně na funkčnost to má takový, že Vám tam pravděpodobně něco chybí. Ten soubor tam měl zřejmě nějaký význam, upravoval styly čehosi, co tam teď nemáte.
Vliv na funkčnost je také drobné zpomalení stránek, prohlížeč se zbytečně ptá na dva soubory, o kterých mu server řekne že neexistují.
