No není to jen o právech,ale i vlastníkovi složek a souborů. Záleží jak bylo provedeno první nahrání souborů a složek na web a zda byla okamžitě zapnuta FTP vrstva, nebo třeba až po instalaci nějakého rozšíření. Tyhle různosti mohou způsobovat "že to blbne".
Nevím co máte za hosting, ale některé mají "kouzelné tlačítko" na opravu práv složek a souborů v administraci. Po opravě je přeba FTP vrstvu vypnout.
Další možností opravy je zazálohovat kompletně všechny soubory a složky na webu (Akeeba). Zálohu stáhnout na PC (ověřit zda není poškozená). Všechny soubory a složky na webu smazat. Nahrát soubor zálohy a tento rozbalit (soubor zálohy + kickstart. Poté také vypnout FTP vrstvu a samozřejmě se v budoucnu přes FTP na webu nešťourat.