Práce s nastavením modulů do pozic šablony, nastavení a vytváření položek menu a vůbec základní práce s Joomlou se nezměnila. Je to pořád stejný princip.
Myslím, že vám není co poradit. Nějak nainstalujete Joomlu, zapnete SEO SEF a okamžitě se vrtáte v šablonách. Přesně tak se to nedělá.
Řádně nainstalujte Joomlu (pokud potřebujete, tak při její instalaci přidejte ukázková data), nezapínejte SEO SEF, dodejte alespoň nějaký cílový obsah (jak jinak chcete přizpůsobit efektivně vzhled) a teprve potom se věnujte šablonám vzhledu.