Konečně si mi podařilo nalézt řešení, popisuji jej níže, neboť bych rád pomohl těm, kteří budou v budoucnu řešit něco podobného.
Po šesti dnech stránky opět přestaly fungovat. Ještě jednou jsem prohlédl tabulky v databázi a zkoušel ruční odmazání těch největších. Ostranil jsem pozůstatky rozšíření Artio Joomsef - tabulky s prefixem sefxxx, což žádný výsledek nepřineslo a poté tabulku s názvem nz0di_jvcounter_logs. Zde se ukládaly logy z počítadla přístupů JVCounter, bohužel záznamy se nemažou a tabulka stále narůstá až do současných 113 040 záznamů. Tuto jsem promazal a rozšíření odinstaloval, po více, než týdnu používání se problém již neobjevuje a konečně mohu místo neustálé obnovy ze zálohy tvořit nový obsah. Provoz stránek se též citelně zrychlil.
Takže problém naštěstí není ve STS verzi, jsem rád, že mohu zůstat na současné 3.1, ze které bude aktualizace na 3.5 určitě jednodušší, než z kterékoli nižší.
Luděk Šťastný